Trong sự nghiệp của mình, Whitley đã xuất bản hơn 500 bản báo cáo và 5 quyển sách về chuyên ngành ngư học, từ những nghiên cứu về cá ngựa đến cá mập ở Úc, New Zealand, New Guinea và những hòn đảo ở Nam Thái Bình Dương.[2] Không những vậy, ông đã cộng tác cùng A. Musgrave biên soạn quyển Bibliography of Australian Entomology 1775–1930 (1932).[1]

Whitley đã mô tả hàng trăm chi và loài mới, cũng như nghiên cứu hầu hết các khía cạnh của các loài cá biển và cá nước ngọt của Úc, bao gồm sinh thái học và phân loại học. Sự phân loại của Whitley bộc lộ một chút gì đó về bản chất bất cần của ông: ít quan tâm đến các quy tắc về danh pháp. Điều này gây ra sự bất đồng giữa ông với các đồng nghiệp quốc tế trong nhiều lần.[2]

Trong bản khảo sát về ngư học năm 1964, Whitley là tác giả của hơn 320 trong số 2447 danh sách loài được ghi nhận ở Úc.[4]